Optimisation et comparaison de l’extraction d’ADN génomique à partir de sang total collecté dans un tube PAXgene blood RNA en utilisant des plateformes automatisées.
- Auteurs
- You J, Shiomi T, Zappile P, Chiriboga L, Mendoza S, Moreira AL
- Journal
- Clin Chem Lab Med
- Date de publication
- 2026-02-24
- PMID
- 41109964
- DOI
- 10.1515/cclm-2025-1079
Résumé
OBJECTIFS : Avec le développement des technologies génomiques, l'isolement de l'ADN génomique (ADNg) à partir d'échantillons cliniques est devenu plus important tant pour le diagnostic clinique que pour les études de recherche. Les échantillons sanguins collectés dans des tubes PAXgene Blood RNA, qui sont typiquement utilisés pour l'extraction d'ARN, peuvent être utilisés pour l'extraction d'ADNg, particulièrement dans les études cliniques lorsque seuls de tels échantillons sanguins sont disponibles.
MÉTHODES : Nous avons optimisé le pré-traitement des échantillons sanguins collectés dans des tubes PAXgene Blood RNA. Pour la première fois, trois plateformes automatisées basées sur des billes magnétiques (QIAsymphony SP, Maxwell RSC et KingFisher Apex) ont été comparées pour l'extraction d'ADNg à partir de ces échantillons sanguins. De plus, les effets du stockage à 4 °C ou des cycles de congélation-décongélation des échantillons sanguins sur le rendement en ADNg ont été étudiés. L'extraction à haut débit en format 96 puits a été évaluée.
RÉSULTATS : L'optimisation systématique du pré-traitement des échantillons sanguins montre qu'une incubation prolongée à température ambiante et/ou une vitesse et un temps de centrifugation accrus ont amélioré le rendement en ADNg à partir d'échantillons sanguins collectés dans des tubes PAXgene Blood RNA. QIAsymphony SP (4,27 ± 2,19 µg) et Maxwell RSC (4,82 ± 2,96 µg) ont produit des rendements en ADNg significativement plus élevés que KingFisher Apex (1,09 ± 0,61 µg). Des rendements en ADNg plus élevés ont été obtenus avec un temps de stockage plus court à 4 °C ou moins de cycles de congélation-décongélation des échantillons sanguins. Dans l'extraction en format 96 puits, les rendements en ADNg variaient de 0,24 à 13,46 µg.
CONCLUSIONS : Toutes les plateformes automatisées basées sur des billes magnétiques ne conviennent pas pour l'extraction d'ADNg à partir d'échantillons sanguins collectés dans des tubes PAXgene Blood RNA. L'optimisation systématique des pré-traitements fournit des orientations pour les flux de travail de routine et à haut débit, et les conditions de stockage et les cycles de congélation-décongélation offrent une référence pratique pour la biobanque.
Abstract (original)
OBJECTIVES: With the development of genomic technologies, the isolation of genomic DNA (gDNA) from clinical samples has become more important for both clinical diagnostics and research studies. Blood samples collected in PAXgene Blood RNA Tubes, which are typically used for RNA extraction, can be used for gDNA extraction, particularly in clinical studies when only such blood samples are available.
METHODS: We optimized the pre-treatment of blood samples collected in PAXgene Blood RNA Tubes. For the first time, three magnetic bead-based automated platforms (QIAsymphony SP, Maxwell RSC and KingFisher Apex) were compared for gDNA extraction from these blood samples. Additionally, the effects of storage at 4 °C or freeze-thaw cycles of the blood samples on gDNA yield were investigated. High-throughput extraction in 96-well format was evaluated.
RESULTS: Systematic optimization of blood sample pre-treatment shows that prolonged incubation at room temperature and/or increased centrifugation speed and time improved gDNA yield from blood samples collected in PAXgene Blood RNA Tubes. QIAsymphony SP (4.27 ± 2.19 µg) and Maxwell RSC (4.82 ± 2.96 µg) produced significantly higher gDNA yields than KingFisher Apex (1.09 ± 0.61 µg). Higher gDNA yields were obtained with shorter storage time at 4 °C or fewer freeze-thaw cycles of the blood samples. In the 96-well format extraction, gDNA yields ranged from 0.24 to 13.46 µg.
CONCLUSIONS: Not all magnetic bead-based automated platforms are suitable for gDNA extraction from blood samples collected in PAXgene Blood RNA Tubes. Systematic pre-treatments optimization provides guidance for routine and high-throughput workflows, and storage conditions and freeze-thaw cycles offer practical reference for biobanking.
